普段は auto-async-byte-compile.el を使用して Emacsの設定ファイルを保存時に自動コンパイルするように設定しています。

(require 'auto-async-byte-compile)
(add-hook 'emacs-lisp-mode-hook 'enable-auto-async-byte-compile-mode)

ただし、るびきちさんのTwitterか何かで「変数を設定しただけのファイルはバイトコンパイルしない」というコメントを見たような記憶があります（記憶が非常にあいまいのためもし違っていたら申し訳ありません）。

そこでどのように設定するのかを調べてみました。

検索方法が悪いのかなかなか見つかりませんでしたが、最終的に Emacsのマニュアル に載っているのを見つけました。

ファイルの先頭に

;; -*-no-byte-compile: t; -*-

のようにしてローカル変数を設定すればいいようです。

これで自動でバイトコンパイルさせることはなくなりました。