Rとは

R Linux

紹介 †

• 仕事でよく使用するアプリケーションです。
• 統計学的手法の１つであるDunnett法をお金をかけずに行う方法を探していて Rにたどり着きました。ただし、Rに関する書籍にかなりお金を使っています（10万円以上?）
• 基本的にキーボードからの入力のみで使用するため初めは大変に感じましたが、今は慣れました。むしろメニューから処理を選択する方が面倒くさく感じます。

RjpWikiからの引用（「What is R?」の日本語翻訳） †

Rは統計計算とグラフィックスのための言語・環境 で、 GNUプロジェクトの一つであり、 AT&T(当時)のベル研究所でJohn M. Chambersと同僚により開発された S言語・環境に似ています。 RはSを別個に実装したものと考えられます。両者の仕様及び実装には幾つかの重要な違いが在りますが、 S用に書かれたコードの多くは変更無しでRでも実行できます。

''Rは多様な統計手法(線形・非線形モデル・古典的統計検定・時系列解析・判別分析・クラスタリング・その他)と グラフィックスを提供し、広汎な拡張が可能です。'' Sは高頻度で統計的手法による研究の手段の選択肢となりますが、 Rを使えばそうした活動にオープンソースの道から参加できるようになります。

個人的な使用方法 †

• 得られたデータはスプレッドシート（ExcelやLibreOffice?など）で入力し、 csvファイル（つまりテキストファイル）として保存する。
• そのcsvファイルをRで読み込んで解析に使用する。

実験結果の解析 †

• 収集されたデータの集計、グラフ化
  • ELISAの結果など
• データの統計学的解析
  • Welch-test、対比較などが多い
  • ロジスティック回帰分析、一般化線形モデル（GLM）、一般化線形混合モデル（GLMM）、階層ベイズモデルなどの出番はないです……（興味はあるのですが）

実習（薬物動態シミュレーション） †

• そんなに高度な内容をやっている訳ではないです。
• nlmeODEパッケージを使用
  • モデル式とパラメータ（薬物量、吸収定数など）を与えると、常微分方程式で血中濃度の推移を計算してくれるので、その結果をグラフ化し、ブラウザで表示させるようにプログラムを組んでいます。
  • 簡単な流れ
    • C++で作成したアプリケーションでデータ入力
    • Rで計算、データ出力（結果の表、グラフ）
    • 再びアプリケーションでHTML作成&ブラウザで表示