R Linux

紹介

  • 仕事でよく使用するアプリケーションです。
  • 統計学的手法の1つであるDunnett法をお金をかけずに行う方法を探していて Rにたどり着きました。ただし、Rに関する書籍にかなりお金を使っています(10万円以上?)
  • 基本的にキーボードからの入力のみで使用するため初めは大変に感じましたが、今は慣れました。むしろメニューから処理を選択する方が面倒くさく感じます。

RjpWikiからの引用(「What is R?」の日本語翻訳)

Rは統計計算とグラフィックスのための言語・環境 で、 GNUプロジェクトの一つであり、 AT&T(当時)のベル研究所でJohn M. Chambersと同僚により開発された S言語・環境に似ています。 RはSを別個に実装したものと考えられます。両者の仕様及び実装には幾つかの重要な違いが在りますが、 S用に書かれたコードの多くは変更無しでRでも実行できます。

''Rは多様な統計手法(線形・非線形モデル・古典的統計検定・時系列解析・判別分析・クラスタリング・その他)と グラフィックスを提供し、広汎な拡張が可能です。'' Sは高頻度で統計的手法による研究の手段の選択肢となりますが、 Rを使えばそうした活動にオープンソースの道から参加できるようになります。

個人的な使用方法

  • 得られたデータはスプレッドシート(ExcelやLibreOffice?など)で入力し、 csvファイル(つまりテキストファイル)として保存する。
  • そのcsvファイルをRで読み込んで解析に使用する。

実験結果の解析

  • 収集されたデータの集計、グラフ化
    • ELISAの結果など
  • データの統計学的解析
    • Welch-test、対比較などが多い
    • ロジスティック回帰分析、一般化線形モデル(GLM)、一般化線形混合モデル(GLMM)、階層ベイズモデルなどの出番はないです……(興味はあるのですが)

実習(薬物動態シミュレーション)

  • そんなに高度な内容をやっている訳ではないです。
  • nlmeODEパッケージを使用
    • モデル式とパラメータ(薬物量、吸収定数など)を与えると、常微分方程式で血中濃度の推移を計算してくれるので、その結果をグラフ化し、ブラウザで表示させるようにプログラムを組んでいます。
    • 簡単な流れ
      • C++で作成したアプリケーションでデータ入力
      • Rで計算、データ出力(結果の表、グラフ)
      • 再びアプリケーションでHTML作成&ブラウザで表示

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Last-modified: 2015-05-06 (水) 14:45:13 (1025d)